На сегодняшний день на территории Беларуси осуществление санитарно-карантинного контроля регулирует Положение о порядке осуществления государственного санитарно-эпидемиологического надзора за лицами и транспортными средствами, пересекающими таможенную границу Таможенного союза, подконтрольными товарами, имеющими санитарно эпидемиологическое заключение, перемещаемыми через таможенную границу Таможенного союза и на таможенной территории Таможенного союза (утвержденное решением Комиссии ТС от 28 мая 2010 года) в санитарно-карантинных пунктах. При этом санитарно-карантинные пункты – это структурные подразделения территориальных центров гигиены и эпидемиологии.
Свою работу санитарно-карантинные пункты в Брестской области на госгранице с Польшей начали в 1998 году (в пунктах пропуска «Брест» и «Козловичи»), спустя десять лет началась работа санитарно-карантинного пункта на границе с Украиной в пункте пропуска «Мокраны». После образования Таможенного союза санитарно-карантинный контроль товаров двойного назначения на его внешней границе в Брестской области стал осуществляться еще в девяти санитарно-карантинных пунктах. На сегодняшний день в Брестской области санитарно-карантинный контроль проводят 12 пунктов, семь из них расположены на границе с Польшей.
В соответствии с новыми Международными медико-санитарными правилами действие санитарного контроля, санитарной охраны и контроля деклараций о соответствии распространяется не только на инфекционные заболевания, но на все риски, появляющиеся в сфере общественного здоровья.