ЕЭК постановила, что для каждой партии пищевых продуктов нужно оформлять сертификат, но это решение было встречено крайне негативно Роспотребнадзором, который считает данное решение ограничивающим возможности предпринимательской деятельности в России. Вопросы ветеринарной сертификации были обсуждены на совещании ЕЭК, которое прошло 22-23 июля. Инициаторы данного решения были обвинены руководством Роспотребнадзора в том, что они лоббируют интересы ветеринарных служб, создавая излишние бюрократические препоны.
Ведомство также поставило под сомнение регламент принятия решений, который не соответствует принципам принятия решений национального масштаба. Роспотребнадзор особенно отметил отсутствие публичных чтений и обсуждений проектов решений, а также отсутствие какого-либо внутригосударственного согласования проекта решения. По мнению ведомства, принятие подобных решений невозможно без учета точки зрения государственной власти и представителей бизнеса.
Роспотребнадзор также отметил, что дополнительные документы не несут никакой пользы для того, чтобы улучшить обеспечение безопасности здоровья потребителей и являются лишней бумажной волокитой, от которой следует избавляться. Логика ведомства понятна, все продукты питания изготавливаются из сырья, прошедшего сертификацию и соответствующего всем нормам безопасности, а значит и продукция из этого сырья полностью безопасна и дополнительной сертификации не требует.